Urodził się 3 V 1876 r. we wsi Krępa Kościelna k. Lipska stanowiącej własność rodziny Wiśniewskich herbu Prus. Po ukończeniu gimnazjum w Radomiu, wstąpił w 1893 r. do seminarium duchownego w Sandomierz, które ukończył w 1899 r. Po święceniach kapłańskich był wikariuszem w Kozienicach, Cerekwi i Ćmielowie.

W latach 1907-1915 opublikował siedem „monografii” dekanatów diecezji sandomierskiej. Recenzenci: ks. A. Wyrzykowski i ks. J. Rokoszny zarzucali autorowi subiektywizm i brak krytycyzmu w ocenie poszczególnych osób i wydarzeń, niepełne wykorzystanie literatury przedmiotu, błędne odczytywanie napisów, a także to, że nie były to monografie, omawiające w sposób możliwie szczegółowy i wyczerpujący dzieje poszczególnych dekanatów. Są to zarzuty uzasadnione. Braki wynikają z tego, że autor był historykiem amatorem, a nie mającym odpowiedniego przygotowania warsztatowego w zakresie metodologii i metodyki badań naukowych. Pracował z dala od ośrodków, archiwów i bibliotek naukowych, a prace swe przygotowywał na marginesie rozliczonych obowiązków duszpasterskich, nauczycielskich i społecznych. Do „monografii” każdego dekanatu dołączone są Monumenta (Pomniki), które stanowią obszerne wydawnictwa źródeł, dotyczących nie tylko dziejów Kościoła, lecz także poszczególnych miast. Wiele wydanych przez autora materiałów uległo zniszczeniu.

Podstawę materiałową „monografii” stanowią nie tylko rękopisy i druki, ale także inne źródła, głównie inskrypcje, a więc napisy na materiałach twardych (przede wszystkim tablice i płyty nagrobne, tablice poświadczeniowe i konsekracyjne, napisy na dzwonkach, chrzcielnicach, figurach i kapliczkach nagrobnych oraz graffiti). Według opinii W. Kowalskiego: Na tym tle do monumentalnych rozmiarów urastają dzieła Jana Wiśniewskiego. Będące jednymi z najlepszych efektów ówczesnej idei regionalizmu, przebogate w faktografię nie mogły nie objąć czy choćby odnotować bardzo licznych inskrypcji. Są też dla interesującego nas terenu najpełniejszym ich zbiorem. Odczyty Wiśniewskiego są na ogół stosunkowo poprawne, jednak nie bez wyjątków. Wiele odnotowanych przez J. Wiśniewskiego inskrypcji już dziś nie istnieje. W 1906 r. został nauczycielem religii w Radomiu, gdzie zaangażował się w działalność różnych organizacji społecznych, zwłaszcza Towarzystwa Krajoznawczego. Był kolekcjonerem przedmiotów muzealnych o charakterze sakralnym i świeckim (wykopaliska archeologiczne, zbrojne, obrazy, rzeźby, zegary, monety, medale, szaty liturgiczne, itd.).

Część swych zbiorów w 1913 r. darował Towarzystwu Krajoznawczemu w celu utworzenia muzeum. Muzeum radomskie powstało ostatecznie w 1923 r. Znaczne część swych zbiorów (co najmniej 200 eksponatów) przekazał Muzeum Diecezjalnemu w Sandomierzu.

W 1913 r. został proboszczem w Borkowicach, gdzie założył bibliotekę parafialną oraz zorganizował straż pożarną, stowarzyszenie spożywców „Przyszłość” i ochronkę. Przyczynił się do powstania dziesięciu szkół wiejskich. W 1917 r. został kanonikiem gremialnym sandomierskiej kapituły katedralnej.

Przedmiotem jego zainteresowań były także archiwalia, otrzymywane głównie od proboszczów parafii z diecezji sandomierskiej, a także rękopisy biblioteczne. Znaczna ich część znajduje się w tak zwanych „Tekach ks. J. Wiśniewskiego” w Bibliotece Wyższego Seminarium Duchownego w Sandomierzu. Do Archiwum Kapituły Katedralnej w Sandomierzu trafiły akta Komendanta Miasta Wolnego Warszawy i Generalnego Komendanta Siły Zbrojnej Księstwa Mazowieckiego z końca 1794 r. W 1923 r. siedem rękopisów ofiarował Bibliotece Jagiellońskiej.

W 1928 r. Wiśniewski opublikował fotokopie 22 dokumentów pergaminowych z sandomierskiego archiwum kapitulnego. W 1938 r. wspólnie z M. Niwińskim opublikował uzupełnienie do katalogu prałatów i kanoników, w których znalazły się biogramy 81 osób. Druga część pracy zawiera streszczenie protokołów posiedzeń kapituły sandomierskiej z lat 1581-1866. Na uwagę zasługuje także praca J. Wiśniewskiego poświęcona omówieniu udziału duchowieństwa diecezji sandomierskiej w powstaniu styczniowym. Ponadto opublikował także wiele innych prac historycznych, kazań, utworów scenicznych, bajek, opowiadań itd.

W latach 1927-1935 opublikował pięć tomów „opisów” kościołów, miast, zabytków i pamiątek z terenu diecezji kieleckiej. Wreszcie w 1936 r. ukazała się praca, dotycząca kościołów i zabytków w diecezji częstochowskiej.

W 1937 r. został współpracownikiem Komisji Historycznej Polskiej Akademii Umiejętności w Krakowie. W 1937 r. za działalność społeczną został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski. Zmarł 7 VI 1943 r. w Borkowicach.